Die Präsidien der Regionalkonferenzen der EDK werden von einer Erziehungsdirektorin oder einem Erziehungsdirektor geführt. Die Geschäftsführung der EDK-Ost wird vom Generalsekretär eines Erziehungsdepartementes besorgt.

Ab 1. Januar 2008 wird das Präsidium der EDK-Ost, welche im Jahr 1966 gegründet wurde und die Kantone Zürich, Glarus, Schaffhausen, Appenzell Ausserrhoden, Appenzell Innerrhoden, St.Gallen, Graubünden, Thurgau und Schwyz sowie das Fürstentum Liechtenstein umfasst, erstmals durch eine Frau ausgeübt. Die Schaffhauser Erziehungsdirektorin, Rosmarie Widmer Gysel, übernimmt das Amt vom Bündner Erziehungsdirektor Claudio Lardi, welcher die Regionalkonferenz seit 31. März 2004 präsidiert. Regierungsrat Lardi wird die EDK-Ost und damit auch den mehrsprachigen Kanton Graubünden weiterhin im Vorstand der Schweizerischen Konferenz der kantonalen Erziehungsdirektoren (EDK) vertreten.

Seit dem Jahr 1980 ist der Generalsekretär des Erziehungsdepartementes des Kantons St.Gallen, Werner Stauffacher, im Nebenamt Regionalsekretär der EDK-Ost und Präsident der Deparementssekretäre-Konferenz (DSK-Ost). Das Regionalsekretariat der EDK-Ost wird im Erziehungsdepartement des Kantons St.Gallen geführt. Neu wird Dr. Raphaël Rohner, Departementssekretär des Erziehungsdepartementes des Kantons Schaffhausen, auf 1. Januar 2008 mit diesen Aufgaben betraut. Das Regionalsekretariat der EDK-Ost befindet sich damit ab Januar 2008 im Erziehungsdepartement des Kantons Schaffhausen.

Regierungsrätin Rosmarie Widmer Gysel, Erziehungsdirektorin des Kantons Schaffhausen und Präsidentin der EDK-Ost ab Januar 2008

Raphaël Rohner, Departementssekretär Kanton Schaffhausen und Regionalsekretär der EDK-Ost ab Januar 2008