Die Thurgauer Diplommittelschulen wurden bereits im Jahr 2001 reformiert und an die neuen Rahmenlehrpläne angepasst. Die Umwandlung zur Fachmittelschule bringt für die Schulstrukturen deshalb keine grundlegenden Änderungen. So bleiben namentlich die Schuldauer und die Zahl der Lektionen gleich. Der Unterricht ist wie bisher in einen allgemeinen und einen berufsfeldbezogenen Bereich aufgeteilt. Das berufsspezifische Angebot wird neu aber klarer strukturiert. Vorbereitet wird an den beiden Fachmittelschulen der Kantonsschulen Frauenfeld und Romanshorn auf die Berufsfelder Pädagogik, Gesundheit und Soziale Arbeit.

Mit der neuen Verordnung wird vor allem eine Namensänderung und somit eine Anpassung an die neue schweizerische Terminologie vollzogen. Die Absolventinnen und Absolventen der FMS erwerben neu nach drei Jahren einen Fachmittelschulausweis, der den Zugang in weiterführende Ausbildungen ermöglicht. Es ist vorgesehen, im Anschluss an die dreijährige Ausbildungszeit die Möglichkeit zum Erwerb eines Fachmaturitätsausweises zu schaffen. Da die abnehmenden Fachhochschulen die genauen Bedingungen aber noch nicht definiert haben, wird mit diesem Schritt zugewartet.

Die Verordnung über die Ausbildung an den Fachmittelschulen tritt auf den 1. August 2005 in Kraft. Sie gilt auch für Schülerinnen und Schüler, die im Schuljahr 2004/05 in eine erste Klasse der Diplommittelschule eingetreten sind. Da das erste Schuljahr bei allen Fachbereichen gleich ausgestaltet ist, ergeben sich keine rückwirkenden Änderungen.