Die Vorlage stellt eine Weiterentwicklung des Schengen/Dublin-Besitzstands dar. Bei einer Ablehnung durch die Stimmberechtigten endet die Zusammenarbeit der Schweiz mit den Schengen- und Dublin-Staaten automatisch, es sei denn, die EU-Kommission und alle EU-Staaten würden innert 90 Tagen einstimmig beschliessen, die Zusammenarbeit mit der Schweiz fortführen zu wollen. Allerdings dürfte dies im aktuellen europapolitischen Umfeld kaum realistisch sein.

Wie auch der Bundesrat und die Mehrheit des Parlaments unterstützt der Regierungsrat des Kantons Thurgau die Beteiligung der Schweiz am Ausbau von Frontex. Der Kanton Thurgau wäre als Grenzkanton von einem Ende der Zusammenarbeit mit den Schengen- und Dublin-Staaten besonders betroffen. Da die Grenzbehörden wieder Personenkontrollen durchführen müssten, wären Wartezeiten am Zoll die Folge, was den eng mit Deutschland verflochtenen Thurgauer Grenz- und Wirtschaftsraum sowie namentlich die zahlreichen Grenzgängerinnen und Grenzgänger empfindlich belasten würde. Zudem käme es vor allem in den Grenzkantonen wie dem Thurgau zu Lücken bei der inneren Sicherheit, da der Zugang zu den europäischen Datenbanken fehlen würde.